Desa Krajan terbentuk dulu dari dua desa yaitu desa Kopen dan desa Gambiran. Desa Kopen terletak di kelurahan Krajan, sedangkan desa Gambiran terletak di desa Yagan. Tahun seribu sembilan ratus empat puluhan desa Kopen dipimpin lurah desa yang bernama H. Abdul Karim dibantu Carik, dua orang Bayan, Ulu-Ulu dan Modin, sedangkan Desa Gambiran dipimpin lurah yang bernama Marto Dipomo dibantu Carik Bujo Sastro dan pembantu lainnya. Desa Kopen merupakan tanah kejawen (kerajaan), kalau desa Gambiran merupakan tanah welandan (Belanda) yang pengelolaannya dibawah kekuasaan belanda/penjajah, terbukti saat ini di daerah kopen tidak ada bekas tanah yang dulu dikelola Belanda, tetapi di wilayah desa Gambiran banyak tanah OG peninggalan zaman Belanda. Mulai tahun 1946, setelah merdeka Desa Kopen dan Desa Gambiran menjadi satu menjadi Desa Krajan dengan Lurah pertama bapak Joyo Pawiro.
Secara lebih terperinci, di bawah ini adalah Sejarah Kepala Desa Pemerintah Desa Krajan :
Sekertaris Desa / Carik Desa Krajan :